Tärkein ero atomien ja hiukkasten välillä on se, että atomit ovat pieniä yksiköitä, jotka on valmistettu useista hiukkasista, kun taas hiukkaset ovat pieniä aineosia.
Atomi on kaikkien aineiden pienin yksikkö. Aiemmin ihmiset ajattelivat, että atomi oli pienin olemassa oleva asia, emmekä voi hajottaa sitä edelleen. Mutta viimeaikaisten tutkimusten mukaan atomi on valmistettu useista pienistä hiukkasista, joita kutsutaan subatomisiksi hiukkasiksi. Termi hiukkanen kemiassa viittaa kuitenkin mihin tahansa pieneen lokalisoituun esineeseen, jolla on fysikaalisia ominaisuuksia, kuten tilavuus, tiheys ja massa.