Keskeinen ero DNA-RNA-hybridien ja dsDNA: n välillä on, että DNA-RNA-hybridit ovat kaksisäikeisiä nukleotideja, jotka koostuvat yhdestä DNA-juosteesta ja yhdestä komplementaarisesta RNA-juosteesta, kun taas dsDNA on kaksijuosteinen DNA, joka koostuu kahdesta komplementaarisesta DNA-juosteesta.
Natiivissa tilassaan DNA on kaksijuosteinen. Siinä on kaksi komplementaarista DNA-säiettä, jotka on sidottu vetysidosten kautta. RNA on yksisäikeinen natiivirakenteessaan. Joissakin tapauksissa RNA muodostaa duplekseja DNA: n kanssa. Ne tunnetaan DNA-RNA-hybridinä. Ne muodostuvat pääasiassa onkogeenisten RNA-virusten transkription ja lisääntymisen aikana. DsDNA: han verrattuna DNA-RNA-hybridit ovat vakaampia.
