Keskeinen ero mitokondrioiden DNA: n ja kloroplastin DNA: n välillä on se, että mitokondrioiden DNA: ta on läsnä eukaryoottisten solujen mitokondrioissa, kun taas kloroplastin DNA: ta on läsnä kasvisolujen kloroplastien sisällä.
Mitokondriot ja kloroplastit ovat kaksi tärkeätä kalvoon sitoutunutta organellia eukaryoottisoluissa. Mitokondriot ovat solujen voimalaitoksia. Toisaalta kloroplastit ovat kasvien fotosynteesikohteita. Sekä mitokondrioiden että kloroplastien uskotaan olevan peräisin prokaryoottisoluista eukaryoottisoluihin endosymbioosin kautta. Nämä kaksi organellia sisältävät oman DNA: n. Vaikka tämä DNA ei ole solun ydin-DNA eikä sillä ole merkitystä solun toiminnalle, se on tärkeä joidenkin niiden omien soluorganelleominaisuuksien kannalta.
