Tärkein ero geneettisen kartan ja fyysisen kartan välillä on genomikartoituksessa käytetyissä tekniikoissa. Geneettisen kartan luomisessa käytetään geneettisiä markkereita ja geenilokeja geenin kytkentämallien tutkimiseen, kun taas fyysisessä kartoituksessa käytetään molekyylibiologian tekniikoita, kuten Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ja hybridisaatiotekniikoita.
Geneettiset kartat ja fyysiset kartat kahden tyyppisiä karttoja, jotka rakentavat näyttämään kromosomeissa sijaitsevat geenit. Ne osallistuvat geenidiagnostiikkaan ja genomianalyysin evoluution ennustamiseen. Lisäksi he käyttävät analysoimaan geenilokusten välisiä etäisyyksiä ja geenipolymorfismeja.
