Tärkein ero geneettisen etäisyyden ja fyysisen etäisyyden välillä on sekvenssityyppi, jota käytetään analysoitaessa kahden saman lajin kahden populaation välistä etäisyyttä. Geneettinen etäisyys mittaa geneettistä eroa lajien tai lajin sisällä olevien populaatioiden välillä, kun taas fyysinen etäisyys mittaa kahden markkerin välisten nukleotidien lukumäärää.
Geneettinen etäisyys ja fyysinen etäisyys antavat käsityksen kahden lajin populaation välisestä evoluutiosuhteesta. Siksi etäisyyskartat tarjoavat populaatioiden linkittämisen geneettisen datan perusteella. Genomin sekvensoinnilla ja bioinformatiikan analyysillä on tärkeä rooli sekä geneettisten että fyysisten etäisyyksien määrittämisessä.
