Tärkein ero peräaukon ja kloakan välillä on, että peräaukko on nisäkkäiden aukko, jota he käyttävät erittääkseen jätemateriaalia ruoansulatuskanavasta, kun taas kloakka on lintujen, matelijoiden ja kalojen avautuminen, joita he käyttävät sekä virtsan että jätemateriaalin erittämiseen.
Monet ihmiset eivät ole tietoisia siitä, että matelijoilla, linnuilla ja kaloilla on yksi aukko jätemateriaalin ja virtsan erittämiseen. Tämä on kuitenkin jyrkässä ristiriidassa nisäkkäiden (myös ihmisten) kanssa, joilla on erilliset aukot virtsan ja jätemateriaalin erittymiseen. Peräaukko on aukko, jota nisäkkäät käyttävät jätemateriaalin erittymiseen. Toisaalta kloaka on aukko, jota matelijat, linnut ja kalat käyttävät sekä virtsan että ulosteiden erittämiseen. Keskustelemme enemmän peräaukon ja kloakan välisestä erosta tässä artikkelissa.