Tärkein ero proteiinien pilkkomisen välillä mahassa ja ohutsuolessa on, että proteiinin pilkkominen mahassa tapahtuu pepsiinin ja suolahapon avulla, kun taas proteiinin pilkkominen ohutsuolessa tapahtuu trypsiinin ja haiman erittämän kymotrypsiinin avulla.
Kuluttamamme ruoka on kemiallisen ja mekaanisen pilkkomisen alainen ruoansulatuskanavassa. Kun ruoka on pilkottu, ravintoaineet imeytyvät verenkiertoomme ohutsuolen kautta. Proteiinien pilkkominen tapahtuu kahdessa vaiheessa: mahassa ja ohutsuolen (pohjukaissuolen) ensimmäisessä osassa proteaasien avulla. Vatsassa pepsiini hajottaa proteiinit aminohapoiksi ja oligopeptideiksi. Oligopeptidien pilkkominen edelleen aminohapoiksi, dipeptideiksi ja tripeptideiksi tapahtuu ohutsuolessa haimaentsyymien avulla.
