Tärkein ero geneettisen kartan ja kytkentäkartan välillä on kartoitusprosessissa käytettyjen geenien tyyppi. Geneettinen kartta koostuu kaikista tietyssä kromosomissa olevista geeneistä, kun taas kytkentäkartta koostuu tietyssä kromosomissa olevista kytketyistä geeneistä.
Geneettinen kartta ja kytkentäkartta ovat kahden tyyppisiä kromosomaalikarttoja, jotka kuvaavat kromosomeista löytyviä geenejä. Geneettinen kartta näyttää kaikki geenit, kun taas kytkentäkartta näyttää vain linkitetyt geenit. Molemmat ovat erittäin hyödyllisiä geneettisten sairauksien ja häiriöiden diagnosoinnissa. Lisäksi kromosomaaliset poikkeamat voidaan havaita myös geneettisten ja sidoskarttojen avulla. Linkityskartat antavat lisäksi käsityksen tiettyjen geenien evoluutiosta.
