Keskeinen ero geneettisen sidoksen ja sidoksen epätasapainon välillä on se, että geneettinen kytkentä on kahden tai useamman saman kromosomin geenin taipumus pysyä yhdessä perintöprosessissa, kun taas sidoksen epätasapaino on alleelien epätyypillinen assosiaatio populaatiossa.
Geneettinen kytkentä ja sidoksen epätasapaino ovat kaksi genetiikan käsitettä, jotka seuraavat ei-Mendelin perintöä. Geneettinen kytkentä viittaa fyysiseen tilaan, kun se on kytketty kromosomiin. Yksinkertaisesti sanottuna se on prosessi, jossa geenit sijaitsevat läheisesti kromosomissa siten, että ne periytyvät aina yhdessä sukusoluiksi. Toisaalta populaatiigenetiikassa sidoksen epätasapaino viittaa alleelien ei-satunnaiseen assosiaatioon populaation eri kohdissa. Se mittaa kahden lokuksen tietyn alleelien yhdistelmän havaitun taajuuden ja satunnaiselle assosiaatiolle odotetun taajuuden välistä eroa.
