Tärkein ero asetyyli-CoA: n ja asyyli-CoA: n välillä on se, että asetyyli-CoA (tai asetyylikoentsyymi A) auttaa proteiinien, hiilihydraattien ja lipidien aineenvaihdunnassa, kun taas asyyli-CoA (tai asyylikoentsyymi A) auttaa rasvahappojen metaboliassa.
Asetyyli-CoA on erittäin hyödyllinen toimitettaessa asetyyliryhmä Krebs-sykliin energiantuotantoa varten. Asetyyliryhmä on funktionaalinen ryhmä, jolla on kemiallinen kaava -C (O) CH 3. Asyyliryhmä on myös funktionaalinen ryhmä, jolla on kemiallinen kaava –C (O) R, jossa R-ryhmä on rasvahapposivuketju. Se on hyödyllinen energian tuotannossa muuttamalla asetyyli-CoA: ksi.
