Keskeinen ero kromatofokusoinnin ja isoelektrisen fokusoinnin välillä on se, että kromatofokusointi on eräänlainen pylväskromatografiamenetelmä, joka käyttää ioninvaihtohartseja, kun taas isoelektrinen fokusointi on eräänlainen elektroforeesitekniikka, joka käyttää immobilisoituja pH-gradienttigeelejä.
Kromatofokusointi ja isoelektrinen fokusointi ovat kaksi tekniikkaa, jotka erottavat proteiinit isoelektristen pisteidensä mukaan. Sekä kromatofokusointilla että isoelektrisellä fokusoinnilla on suuri erotteluvoima. Kromatofokusointi on korkean resoluution pylväskromatografiamenetelmä, kun taas isoelektrinen fokusointi on elektroforeettinen erotusmenetelmä. Lisäksi kromatofokusointi ei käytä sähkökenttää, kun taas isoelektrinen tarkennus vaatii sähkökentän.
