Keskeinen ero hnRNA: n ja mRNA: n välillä on se, että hnRNA on käsittelemätön ennenaikainen mRNA-transkriptio, joka sisältää introneja, kun taas mRNA on käsitelty RNA, joka ei sisällä introneja.
RNA: ta on erilaisia, ja hnRNA ja mRNA ovat niistä kahta tyyppiä. Heterogeeninen ydin-RNA, joka tunnetaan myös nimellä pre-mRNA, on eräänlainen primaarinen transkriptio, joka tuotetaan ytimen sisällä. Kun pre-mRNA on valmistettu, se prosessoidaan jälkitranskriptiolla funktionaaliseksi mRNA: ksi, joka voidaan muuntaa sytoplasman proteiiniksi. Siksi hnRNA syntetisoidaan DNA-templaatista, ja se on vasta muodostunut RNA ennen prosessointia. mRNA on RNA-sekvenssi, joka kantaa geneettistä tietoa proteiinin tuottamiseksi. Se on eräänlainen RNA käsittelyn jälkeen. Lisäksi mRNA kuljettaa geneettisiä kodoneja ytimen DNA: sta ribosomeihin proteiinisynteesiä varten.
