Tärkein ero Watsonin sekä Crickin ja Hoogsteenin emäsparin välillä on, että Watsonin ja Crickin emäspariliitos on vakiotapa, joka kuvaa emäsparien muodostumista puriinien ja pyrimidiinien välillä. Samaan aikaan Hoogsteen-emäsparit ovat vaihtoehtoinen tapa muodostaa emäsparit, joissa puriini muodostaa erilaisen konformaation pyrimidiinin suhteen.
Nukleotidissa on kolme komponenttia: typpipitoinen emäs, pentoosisokeri ja fosfaattiryhmä. DNA: n ja RNA: n rakenteeseen osallistuu viisi erilaista typpipitoista emästä ja kaksi pentoosisokeria. Kun nämä nukleotidit muodostavat nukleotidisekvenssin, komplementaariset emäkset, joko puriinit tai pyrimidiinit, muodostavat vetysidoksia niiden välille. Tätä kutsutaan tukiasemaksi. Siksi emäspari muodostetaan liittämällä kaksi typpipitoista emästä vetysidoksilla. Watsonin ja Crickin peruspariliitos on klassinen tai tavanomainen lähestymistapa, kun taas Hoogsteenin pariliitos on vaihtoehtoinen tapa muodostaa pohjaparit.
