Keskeinen ero - cDNA vs Genomic Library
On olemassa kaksi päätyyppiä DNA-kirjastoja, jotka tutkijat ovat rakentaneet geenitekniikan avulla. Ne ovat cDNA-kirjasto ja Genomic-kirjasto. Keskeinen ero cDNA: n ja genomisen kirjaston välillä on, että cDNA-kirjasto sisältää organismin kokonais-mRNA: n kloonatun komplementaarisen DNA: n, kun taas genominen DNA-kirjasto sisältää organismin koko genomin kloonatut fragmentit. Genominen DNA-kirjasto on suurempi kuin cDNA-kirjasto.
SISÄLLYSLUETTELO
1. Yleiskatsaus ja keskeinen ero
2. Mikä on cDNA-kirjasto
3. Mikä on genomikirjasto
4. Vertailu rinnakkain - cDNA vs. genomikirjasto
5. Yhteenveto
Mikä on genominen kirjasto?
Genominen DNA-kirjasto on kokoelma klooneja, jotka sisältävät organismin genomisen DNA: n fragmentteja. Se sisältää kyseisen organismin koko genomisen DNA: n, mukaan lukien koodaavat ja koodaamattomat sekvenssit. Genomikirjaston rakentaminen suoritetaan yhdistelmä-DNA-tekniikalla, jota seuraa kloonaus (geenitekniikka). Rakentamiseen liittyy erilaisia vaiheita, kuten kuvassa 01 on esitetty. Prosessi alkaa genomisen DNA: n eristämisestä. Käyttämällä sopivaa DNA-uuttomenetelmää organismin genominen DNA tulisi eristää. Sitten DNA tulisi muuntaa hallittaviksi koiksi tai spesifisiksi fragmenteiksi restriktioendonukleaaseilla (DNA: n leikkaavat entsyymit). Hajaantunut DNA tulisi insertoida vektoreihin käyttämällä DNA-ligaaseja (DNA: ta yhdistäviä entsyymejä). Vektori on itse replikoituva organismi. Plasmidit ja bakteriofagit ovat yleisesti käytettyjä vektoreita rekombinantti-DNA-tekniikassa. Nämä ligatoidut vektorit tunnetaan yhdistelmä-DNA-molekyyleinä, koska niissä on sekä omia että insertoituja DNA-sekvenssejä. Rekombinanttivektorit lisätään isäntäbakteeriin ja tehdään ottamaan rekombinanttivektorit bakteerisolun sisällä. Bakteereja, joissa on rekombinanttivektoreita (plasmidit), tulisi kasvattaa elatusaineessa. Bakteerien lisääntymisen aikana bakteerien DNA, yhdessä rekombinanttisten plasmidien kanssa, replikoi niiden genomit ja tuottaa klooneja. Nämä kloonit sisältävät koko lähde-organismin genomin. Siksi sitä kutsutaan genomiseksi kirjastoksi. Plasmidit voidaan helposti erottaa bakteerikromosomaalisesta DNA: sta kyseisen organismin genomikirjaston rakentamiseksi. Jos tietyssä organismissa on kiinnostuneita geenejä,se on helppo havaita genomisessa kirjastossa hybridisoimalla käyttäen molekyylikoettimia (markkereita).
Genomikirjastot ovat tärkeitä genomirakenteen ja -toiminnon, spesifisten geenien, geenien sijainnin, geenikartoituksen, mutaatioiden, geenisekvensoinnin, uusien terapeuttisten geenien tunnistamisen jne. Tutkimiseksi.
Kuva_1: Genomikirjaston rakentaminen
Mikä on cDNA-kirjasto?
CDNA-kirjasto on kokoelma komplementaarisia DNA (cDNA) -klooneja, jotka on syntetisoitu organismin kokonais-mRNA: sta. Rakentamismenettelyyn sisältyy erilaisia vaiheita. Ensimmäinen kokonaisvaihe on kokonais-mRNA: n puhdistaminen organismista. Eristetty mRNA muunnetaan cDNA-juosteiksi prosessilla, jota kutsutaan käänteiskopioinniksi. Käänteiskopiointia helpottaa käänteistranskriptaasiksi kutsuttu entsyymi. Se käyttää pientä 3'-aluketta ja aloittaa ensimmäisen cDNA-juosteen synteesin, joka on komplementaarinen templaatti-mRNA-juosteelle. Tuloksena oleva kaksijuosteinen cDNA muunnetaan pienemmiksi fragmenteiksi käyttäen restriktioendonukleaaseja ja insertoidaan sopiviin vektoreihin. Nämä konstruoidut rekombinanttimolekyylit lisätään sitten isäntäorganismiin ja kasvatetaan elatusaineessa kloonien tuottamiseksi. Organismin cDNA-fragmentteja sisältävien kloonien kokoelma tunnetaan cDNA-kirjastona. Täysin viipaloitu kypsä mRNA ei sisällä introneja eikä säätelyalueita. Siksi koodaamattomia fragmentteja ei ole läsnä cDNA-kirjastoissa, toisin kuin genomisessa kirjastossa.
cDNA-kirjastot ovat tärkeitä koodaavien alueiden, geenitoimintojen, geenien ilmentymisen jne. analyysissä.
Kuva_2: cDNA-kirjaston rakentaminen
Mikä on ero cDNA: n ja genomisen kirjaston välillä?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
cDNA vs. genominen kirjasto |
|
| cDNA-kirjasto on kokoelma klooneja, jotka kantavat komplementaarista DNA: ta organismin mRNA: lle | Genomikirjasto on kokoelma klooneja, joissa on organismin koko genominen DNA. |
| Koodaus vs. koodaamattomat sekvenssit | |
| cDNA-kirjasto sisältää vain koodaavat sekvenssit; se ei sisällä introneja. | Genomikirjasto koostuu koko genomisesta DNA: sta, mukaan lukien koodaamaton (intronit ja säätely) DNA. |
| Koko | |
| cDNA-kirjasto on pieni. | Genomikirjasto on suuri. |
| Lähtöaine | |
| Lähtöaine on mRNA | Lähtöaine on DNA. |
| Käänteiskopioinnin osallistuminen. | |
| Käänteiskopiointi tapahtuu ensimmäisessä cDNA-juosteessa. | Käänteistä transkriptiota ei tapahdu. |
Yhteenveto - cDNA ja genominen kirjasto
Genomikirjasto edustaa kloonipopulaatiota, joka sisältää organismin fragmentoituneen genomisen DNA: n. cDNA-kirjasto edustaa kloonien populaatiota, joissa on organismin kokonais-mRNA: n komplementaarinen DNA. CDNA-klooni sisältää vain sekvenssit, jotka löytyvät mRNA: sta, kun taas genomiklooni sisältää koko genomin sekvenssit. Tämä on ero cDNA: n ja genomisen kirjaston välillä.
