Keskeinen ero huokosten ja akvaporiinien välillä on, että huokoset ovat vesitäytteisiä huokosia ja kanavia, joita esiintyy bakteerien ja eukaryoottien kalvoissa. Samaan aikaan akvaporiinit ovat kalvoproteiineja, jotka muodostavat vesiselektiivisiä kanavia elävissä soluissa.
Eri molekyylit menevät sisään ja ulos soluista plasmamembraanin läpi elävissä organismeissa. Siten plasmamembraanissa on erilaisia kalvoproteiineja solujen sisään tulevien ja sieltä lähtevien molekyylien ylläpitämiseksi ja säätämiseksi. Poriinit ja akvaporiinit ovat kahta tällaista kalvoproteiinia. Näistä huokoset ovat vedellä täytettyjä huokosia, jotka helpottavat hydrofiilisten molekyylien kuljettamista kalvon läpi. Samaan aikaan akvaporiinit ovat vesiselektiivisiä kanavia, jotka antavat nimenomaan veden kulkeutua vapaasti kalvon läpi.
