Keskeinen ero erilaistumisen ja morfogeneesin välillä on se, että erilaistuminen kuvaa sitä, kuinka solut erikoistuvat ainutlaatuisten toimintojen suorittamiseksi, kun taas morfogeneesi kuvaa elävien organismien muotojen kehitystä.
Monisoluiset organismit aloittavat elämänsä yhdestä solusta, joko muodostavat itiön tai sikotin. Siksi solujen erilaistuminen ja morfogeneesi ovat kaksi erilaista ja suurta prosessia, joita tapahtuu monisoluisen organismin kehityksen aikana. Erilaistuminen on prosessi erilaisten erikoistuneiden solutyyppien muodostamiseksi. Se johtaa solujen ja kudosten kypsymiseen, jotka suorittavat spesifisiä toimintoja organismille. Toisaalta morfogeneesi on prosessi, jolla kehitetään erilaisia elävien organismien muotoja. Se määrittää solujen, kudosten, elinten tai organismien muodon.
