Keskeinen ero äidin ja isän DNA-testien välillä perustuu testausmenetelmässä käytettyyn DNA-lähteen tyyppiin. Äidin DNA-testauksessa käytetään mitokondrioiden DNA: ta äidin syntyperän saamiseksi, kun taas isän DNA-testauksessa käytetään Y-DNA: ta isän syntyperän saamiseksi.
Sekä miehillä että naisilla syntyperän määrittäminen on tärkeää perhesuhteiden määrittämiseksi. Lisäksi äidin ja isän DNA-testit määrittävät myös yksilöiden henkilöllisyyden. Jotkut tässä analyysissä käytetyistä molekyylitekniikoista ovat DNA-sormenjälkien ottaminen, lyhyen tandemtoiston analyysi ja restriktiofragmenttipolymorfismi (RFLP).
