Tärkein ero varren ja rungon välillä on se, että varsi viittaa yleensä kasvin pääakseliin, kun taas runko viittaa yleensä puun pääakseliin.
Varsi ja runko ovat kaksi kasvitieteellistä nimeä, joita käytetään joskus samankaltaisessa mielessä. Tarkkaan ottaen varren ja rungon välillä on jonkin verran eroa. Kasvitieteen tai kasvibiologian ja kasvibiotekniikan asiantuntijat sanovat, että runko ei ole vain varsi, vaan se on puun päävarsi. Tästä selityksestä ymmärrämme, että kasvien varsi on puun runko. Näin ollen voidaan sanoa, että sanaa "runko" käytetään viitaten puuhun, kun taas sanaa "varsi" käytetään viitaten kasviin.
