Keskeinen ero emäksen ja nukleofiilin välillä on se, että emäkset ovat vetyakseptoreita, jotka voivat suorittaa neutraloivia reaktioita, kun taas nukleofiilit hyökkäävät elektrofiilejä aloittaakseen tiettyjä orgaanisia reaktioita.
Hapot ja emäkset ovat kaksi tärkeää käsitettä kemiassa. Molemmilla on ristiriitaisia ominaisuuksia. Nukleofiili on termi, jota käytämme näkyvämmin orgaanisessa kemiassa kuvaamaan reaktiomekanismeja ja nopeuksia. Rakenteellisesti emäksen ja nukleofiilin välillä ei ole erillistä eroa, mutta toiminnallisesti he suorittavat erilaisia tehtäviä.