Keskeinen ero resonanssin ja mesomeerisen vaikutuksen välillä on, että resonanssi on seurausta yksinäisten elektroniparien ja sidoselektroniparien vuorovaikutuksesta, kun taas mesomeerinen vaikutus johtuu substituenttiryhmien tai funktionaalisten ryhmien läsnäolosta.
Resonanssin ja mesomeerisen vaikutuksen kaksi kemiallista käsitettä määrittävät orgaanisen molekyylin tarkan kemiallisen rakenteen. Resonanssi syntyy molekyyleissä, joissa on yksinäisiä elektronipareja mille tahansa molekyylin atomista. Mesomeerinen vaikutus syntyy, jos molekyylillä on substituentteja tai funktionaalisia ryhmiä. Molemmat ilmiöt ovat yleisiä orgaanisissa molekyyleissä.