Keskeinen ero motiivin ja domeenin välillä on, että motiivi ei ole itsenäisesti stabiili, kun taas domeeni on itsenäisesti vakaa.
Proteiinit ovat tärkeitä elimistössä läsnä olevia biologisia makromolekyylejä. Toisaalta geenin geneettinen koodi päättää proteiinin aminohapposekvenssin. Lisäksi proteiineilla on primaariset, sekundääriset ja tertiääriset rakenteet. Ensisijainen rakenne on polypeptidiketjun aminohapposekvenssi. Kun polypeptidiketjut taittuvat toistensa kanssa, se muodostaa proteiinin toissijaisen rakenteen. Alfa-heliksit, beeta-levyt ja super-toissijaiset rakenteet kuuluvat toissijaisiin rakenteisiin. Tietyt super-toissijaisten alkuaineiden ryhmittymät tunnetaan proteiinimotiiveina. Proteiinin tertiäärinen rakenne viittaa sen kolmiulotteiseen rakenteeseen, joka päättää proteiinin toiminnan. Domain on taitettu proteiinimolekyylin osa, joka on pallomainen ja jolla on erillinen tehtävä. Se on proteiinin perustoiminnallinen ja kolmiulotteinen rakenne.
