Keskeinen ero prototropian ja tautomerismin välillä on se, että prototropia käsittelee kahta molekyylimuotoa, jotka eroavat toisistaan vain tietyn protonin sijainnissa, kun taas tautomerismissä keskustellaan kahden rakenteellisen isomeerin interkonversiosta atomien tai sidosten siirtämisen kautta.
Prototropia on eräänlainen tautomerismi; se on tautomerismin yleisin muoto. Tautomerismi on orgaanisen kemian käsite, joka kuvaa yhden rakenteellisen isomeerin muuttumista toiseksi isomeeriksi atomien tai sidosten siirtämisen kautta. Jos uudelleensijoittuminen tapahtuu molekyylin protonissa, kutsumme sitä prototropiaksi. Siksi tämän tyyppinen tautomerismi tunnetaan prototrooppisena tautomerisminä.
