Keskeinen ero fluxionalisuuden ja tautomerismin välillä on se, että fluxionalisuus viittaa joidenkin tai kaikkien molekyylin atomien vaihtoon, kun taas tautomerismi viittaa protonien vaihtoon molekyylien välillä.
Molemmat termit fluxionalisuus ja tautomerismi viittaavat atomien vaihtumiseen eri asemien välillä, kuten aksiaalisen ja ekvatoriaalisen aseman välillä. Jos nämä eri asemat ovat samalla molekyylillä, se on fluxionaliteettia. Mutta jos vaihdettu atomi on vetyatomi (protoni) ja sijainnit ovat kahdessa eri molekyylissä, niin sitä kutsutaan tautomerismiksi.
