Keskeinen ero polysakkaridi- ja konjugaattirokotteiden välillä on, että polysakkaridirokotteet sisältävät vain vapaita polysakkarideja antigeeneinä, kun taas konjugoidut rokotteet sisältävät polysakkarideja yhdistettynä proteiinimolekyyliin.
Polysakkaridi- ja konjugaattirokotteet ovat kahden tyyppisiä rokotteita. Polysakkaridirokotteet sisältävät vain polysakkaridikapselin antigeeninä immuunivasteen stimuloimiseksi. Siksi ne aiheuttavat merkityksetöntä immuunivastetta konjugaattirokotteisiin verrattuna. Konjugaattirokotteet sisältävät polysakkarideja konjugoituna immunogeeniseen proteiiniin. Siksi ne aiheuttavat voimakkaamman immuunivasteen. Lisäksi konjugoidut rokotteet luovat B-solumuistin ja pitkäaikaisen immunisoinnin. Tällä hetkellä konjugoidut rokotteet ovat korvanneet huomattavasti polysakkaridirokotteet.
