Keskeinen ero kovalenttisten orgaanisten ja metallisten orgaanisten runkojen välillä on se, että kovalenttiset orgaaniset rungot ovat rakenteita, joissa on kovalenttisia sidoksia, kun taas metalliset orgaaniset rungot ovat rakenteita, joissa on koordinaatiosidoksia.
Kovalenttiset ja metalliset orgaaniset rungot ovat yhdisteiden luokkia, joilla on ainutlaatuiset ominaisuudet. Molemmat näistä luokista sisältävät materiaaleja, jotka on tunnustettu orgaanisiksi kiinteiksi yhdisteiksi. Yleensä kovalenttiset orgaaniset rungot ovat yhdisteitä, joilla on kaksi tai kolmiulotteisia ominaisuuksia, kun taas metalliset orgaaniset rungot ovat yhdisteitä, joilla on yksi, kaksi tai kolmiulotteinen ominaisuus.