Keskeinen ero käänteisfaasin ja normaalivaiheisen HPLC: n välillä on, että käänteisfaasi-HPLC käyttää ei-polaarista paikallaan olevaa vaihetta ja polaarista liikkuvaa vaihetta, kun taas normaalivaiheinen HPLC käyttää polaarista paikallaan olevaa vaihetta ja vähemmän polaarista liikkuvaa vaihetta.
Normaalivaiheinen HPLC on vanhin HPLC-tekniikka, jota Tswett käytti kasviuutteiden erotteluissa; hän käytti liitua lasipylväässä. Tämä oli klassinen kromatografiatapa, joka johti sen nimeämiseen "normaaliksi" tekniikaksi. Käänteisfaasinen HPLC puolestaan on päinvastainen normaalille tekniikalle, jonka tutkijat kehittivät viime aikoina.
