Keskeinen ero homodimeerin ja heterodimeerin välillä on se, että homodimeeri on kahdesta identtisestä proteiinista valmistettu proteiini, kun taas heterodimeeri on kahdesta eri proteiinista valmistettu proteiini.
Proteiini on biomolekyyli, joka koostuu aminohappoketjuista. Proteiinidimeeri on kvaternaarinen proteiinirakenne, joka muodostuu kahden proteiinimonomeerin tai kahden aminohappoketjun yhdistymisestä. Yleensä ne sitoutuvat toisiinsa ei-kovalenttisilla sidoksilla. Proteiinidimeerit ovat joko homodimeerejä tai heterodimeerejä. Homodimeerissä on kaksi identtistä proteiinia, jotka eivät ole kovalenttisesti sitoutuneita. Heterodimeerissä on kaksi erilaista proteiinia sitoutunut toisiinsa. Tämä proteiinidimeerivuorovaikutus on tärkeä säätelyssä ja katalyysissä.
