Tärkein ero CRISPR: n ja CRISPR Cas9: n välillä on se, että CRISPR (klusteroitu säännöllisesti välissä oleva lyhyt palindrominen toisto) on luonnossa esiintyvä prokaryoottinen immuunipuolustusmekanismi, kun taas CRISPR cas9 on RNA-ohjattu Cas9-nukleaasi, joka on osa CRISPR-adaptiivista immuunijärjestelmää.
CRISPR on bakteerien ja arkkien viruslääke. Se on DNA-sekvenssien perhe, joka löytyy bakteerigenomista. Se koostuu spacer-sekvensseistä, jotka ovat peräisin bakteerifagien DNA-fragmenteista, jotka olivat aiemmin infektoineet ne. Seuraavissa virusinfektioissa bakteerit käyttävät näitä sekvenssejä tuhoamaan virus-DNA: n. CRISPR-sekvensseillä on lyhyet palindromiset toistot ja spacer-sekvenssit. Lisäksi CRISPR-toistosäteilysekvensseissä on usein yhdistettyjä geenejä, jotka koodaavat Cas-proteiineja. Cas9 on RNA-ohjattu endonukleaasi. Yhdessä CRISPR-sekvenssien kanssa Cas9-proteiini toimii adaptiivisena immuunijärjestelmänä bakteereissa bakteriofageja vastaan.
