Keskeinen ero kromosominauhoituksen ja kromosomimaalauksen välillä on se, että kromosomikaista on värjäystekniikka, joka näyttää kromosomialueet erotettavissa olevilla tummilla ja vaaleilla vyöhykkeillä, mutta kromosomimaalaus on hybridisaatiotekniikka, jossa tietyt kromosomien alueet tai segmentit maalataan sekvenssispesifisellä tavalla. fluoresoivasti leimatut koettimet.
Sytogenetiikassa on välttämätöntä tuottaa näkyvä organismin karyotyyppi kromosomien ja niiden poikkeavuuksien tunnistamiseksi. Kromosomien nauhoittaminen ja kromosomimaalaus ovat kaksi sytogeneettistä tekniikkaa, jotka auttavat kromosomien visualisoinnissa. Molemmat tekniikat ovat hyödyllisiä geneettisten häiriöiden tunnistamisessa.