Tärkein ero virallisen ja epävirallisen organisaation välillä on se, että muodolliset organisaatiot muodostetaan yhteisen tavoitteen saavuttamiseksi jäsenten välisten virallisten suhteiden kanssa, kun taas epäviralliset organisaatiot muodostetaan muodollisten organisaatioiden sisällä, jotka perustuvat organisaation jäsenten välisiin ihmissuhteisiin.
Sekä viralliset että epäviralliset organisaatiokonseptit liittyvät toisiinsa. Se johtuu siitä, että virallisissa organisaatioissa on monia epävirallisia organisaatioita. Lisäksi virallinen organisaatio, jolla on monien epävirallisten organisaatioiden tuki, on tehokas ja tyydyttävä organisaatio.
