Keskeinen ero bakteerien ja eukaryoottien välillä on se, että bakteereilta puuttuu todellinen ydin ja membraaniin sitoutuneet organellit, kun taas eukaryooteilla on todellinen ydin ja membraaniin sitoutuneet organellit.
Solu on kaikkien elävien organismien toiminnallinen ja rakenteellinen perusyksikkö. Solun perusrakenteesta riippuen organismeja on kaksi, prokaryootit ja eukaryootit. Prokaryootit ovat yksisoluisia organismeja, joilla on yksinkertainen solurakenne. Niihin kuuluu kaksi pääryhmää; Bakteerit ja Archaea. Toisaalta eukaryooteilla on monimutkaiset solurakenteet hyvin organisoitujen solujen kanssa. Niihin kuuluu protisteja, sieniä, kasveja ja eläimiä. Koska sekä bakteerit että eukaryootit ovat eläviä organismeja, niillä on joitain yhtäläisyyksiä, kuten solukalvo, ribosomit, geenitietoa kantava DNA jne. Koska bakteerit ovat prokaryooteja, bakteereilla ja eukaryooteilla on kuitenkin monia rakenteellisia ja toiminnallisia eroja eukaryoottien kanssa. Tämän artikkelin tarkoituksena on korostaa bakteerien ja eukaryoottien välistä eroa.
