Keskeinen ero prokaryoottien ja eukaryoottien geneettisen materiaalin välillä on, että prokaryoottien geneettinen materiaali kelluu sytoplasmassa, koska niillä ei ole ydettä, kun taas eukaryoottien geneettinen materiaali sijaitsee ytimen sisällä. Toinen tärkeä ero on se, että prokaryooteilla on pieni genomi ja ne sisältävät plasmideja. Heillä on myös suuri kierteinen kaksisäikeinen pyöreä kromosomi, kun taas eukaryooteilla on suurempi genomi eikä niillä ole plasmideja.
Prokaryootit ja eukaryootit ovat kahden tyyppisiä organismeja. Bakteerit ja Archaea ovat prokaryootteja. Prokaryooteilla on yksinkertainen soluorganisaatio. Heillä ei ole ydintä ja todellisia organelleja. Toisaalta eukaryooteilla on monimutkainen solujärjestö, jossa on membraaniin sitoutunut ydin ja todelliset organellit. Sienet, protistit, kasvit ja eläimet ovat eukaryooteja.
