Keskeinen ero auksiinin ja sytokiniinin välillä on se, että auksiini stimuloi juurien haarautumista, kun taas sytokiniini estää juurien haarautumista ja sivusuunnassa muodostuvia juuria. Lisätäkseen tähän lisäystä, auksiini on pääasiassa vastuussa solujen venymisestä varren ja juuren kärjissä, kun taas sytokiniinit ovat pääasiassa vastuussa solujen jakautumisesta ja siten niitä esiintyy kasvavilla alueilla.
Fytohormonit, jotka tunnetaan myös kasvihormoneina, ovat tärkeitä kemiallisia aineita kasvien kasvun ja kehityksen kannalta. Ne ovat orgaanisia molekyylejä, ja ne toimivat signaalimolekyyleinä, jotka säätelevät kasvin kehitystä. Kasvihormoneja on viisi päätyyppiä: auksiini, gibberelliini, sytokiniini, eteeni ja absisihappo. Siksi he suorittavat erilaisia toimintoja yksin ja yhdessä vaikuttaakseen kasvien kasvuun.
