Keskeinen ero klassisen ja modernin genetiikan välillä on se, että klassinen genetiikka on Mendelin genetiikka tai vanhempi genetiikan käsite, joka ilmaistiin yksinomaan jalostuskokeista saatujen fenotyyppien perusteella, kun taas moderni genetiikka on uusi genetiikan käsite, joka sallii suoran genotyyppien tutkiminen yhdessä fenotyyppien kanssa.
Suuri tutkija Gregor Mendel on genetiikan isä. Mendel esitteli useita lakeja, jotka koskivat ominaisuuksien perimistä ja miten piirteet siirtyvät vanhemmilta jälkeläisille. Niinpä hänen löydöksistään tuli perusta uudelle, myöhemmin genetiikassa löydetylle konseptille. Siksi klassinen genetiikka ja moderni genetiikka ovat kaksi erillistä käsitettä. Klassinen genetiikka on kuitenkin nykyaikaisen genetiikan perusta.
