Tärkein ero aerobisten ja anaerobisten mikro-organismien välillä on hapentarve hengissä säilyneille aerobisille mikro-organismeille, kun taas se ei ole anaerobisille mikro-organismeille. Toisin sanoen aerobiset mikro-organismit tarvitsevat happea lopullisena elektroninseptorina aerobisen hengityksen aikana, kun taas anaerobiset mikro-organismit eivät vaadi happea soluhengitykseen.
Happivaste on perusta mikro-organismien luokittelemiselle aerobisiksi ja anaerobisiksi. Tämän vuoksi näillä mikro-organismeilla on erilaiset ominaisuudet tehtäviensä suorittamiseksi soluhengityksen aikana. Siksi aerobiset mikrobit läpikäyvät aerobisen hengityksen, kun taas anaerobiset mikrobit hengittävät anaerobisesti.
