Tärkein ero Cosmidin ja Phagemidin välillä on sen sisältämien sekvenssien tyypissä. Kosmidi sisältää cos-paikan ja plasmidin. Siksi se on hybridivektori, kun taas Phagemid on plasmidi, joka sisältää F1-faagin F1-replikaation aloituskohdan.
Kosmideja ja fagemideja käytetään kloonaustarkoituksiin, erityisesti suurempien DNA-fragmenttien kloonaamiseksi. Näitä käytetään laajalti erityisesti eri proteiinien tuotannosta vastaavien geenien kloonauksessa. Kosmidit ja fagemidit joko replikoidaan yksin plasmideina tai pakataan viruspartikkeleihin ja replikoidaan sitten.