Tärkein ero - koetin vs pohjamaali
Molekyylikoetin on pieni DNA- tai RNA-fragmentti, joka tunnistaa komplementaariset sekvenssit DNA: ssa tai RNA: ssa ja mahdollistaa kohdesekvenssin tunnistamisen. Primer on pieni DNA- tai RNA-alue, joka toimii lähtökohtana DNA-synteesille. Alukkeet ja koettimet hybridisoituvat templaatti-DNA: n tai kohde-DNA: n komplementaaristen nukleotidien kanssa. Keskeinen ero koettimen ja alukkeen välillä on kuitenkin se, että alukkeet ovat välttämättömiä DNA-replikaatiolle, kun taas koettimet ovat tarpeen spesifisten sekvenssien havaitsemiseksi näyte-DNA: ssa.
SISÄLLYSLUETTELO
1. Yleiskatsaus ja tärkein ero
2. Mikä on anturi
3. Mikä on pohjamaali
4. Vertailu vierekkäin - koetin vs pohjamaali
5. Yhteenveto
Mikä on koetin?
Koetin on pieni fragmentti DNA: sta tai RNA: sta, jota käytetään kohde-DNA: n tai RNA: n havaitsemiseen näytteestä molekyylihybridisaatiolla. Ne tunnetaan myös molekyylimarkkereina. Koettimen pituus voi vaihdella (100 - 1000 emästä), ja koettimen nukleotidit ovat komplementaarisia kohdesekvenssin osalle. Tunnistamisen helpottamiseksi koettimet leimataan radioaktiivisilla isotoopeilla tai fluoresoivilla väriaineilla tai vasta-aineilla. Koettimet sitoutuvat kohdesekvenssin komplementaarisiin emäksiin ja paljastavat kohde-DNA: n tai RNA: n läsnäolon näytteessä. Koettimien merkitsemiseksi on kaksi päämenetelmää: loppumerkintä ja lempinimen kääntäminen. Koettimet luokitellaan eri tyyppeihin, mukaan lukien DNA-koettimet, RNA-koettimet, cDNa-koettimet ja synteettiset oligonukleotidikoettimet, ja ne valmistetaan eri tekniikoilla.
Koettimet ovat tärkeitä välineitä monilla mikrobi- ja molekyylialueilla, kuten virologia, rikostekninen patologia, isyystestaus, DNA-sormenjälkien ottaminen, geneettisten sairauksien havaitseminen, RFLP, molekyylisytogenetiikka, in situ -hybridisaatio jne.
Kuva 01: Fluoresenssileimattu koetin, jota käytetään FISH: ssä patogeenien havaitsemiseen
Mikä on pohjamaali?
Aluke on lyhyt DNA- tai RNA-fragmentti, joka toimii initiaattorina DNA-synteesissä. DNA-polymeraasientsyymi lisää nukleotideja alukesekvenssin 3'-OH-ryhmään ja syntetisoi uuden juosteen, joka on komplementaarinen templaatti-DNA: lle. Alukkeet ovat hyvin lyhyitä fragmentteja, joiden pituus on 18-20 nukleotidiä. Ne syntetisoidaan kemiallisesti laboratoriossa in vitro DNA-monistusta (PCR) varten. Alukkeilla voi olla mikä tahansa nukleotidisekvenssi, koska käyttäjä on suunnitellut ne. Ne syntetisoidaan vastaamaan templaatti-DNA: n komplementaarisia emäksiä. Siksi sillä voi olla mikä tahansa nukleotidisekvenssi. Alukkeet ovat erittäin tärkeitä DNA-replikaation kannalta, koska DNA-polymeraasi ei voi syntetisoida uutta DNA: ta ilman ennalta olemassa olevaa DNA-palaa. Suunnitellessa alukkeita PCR: lle, on otettava huomioon seuraavat asiat:
- Alukkeiden tulisi sisältää komplementaariset nukleotidit monistuvan DNA: n reunustavan pään kanssa.
- Alukkeiden sulamislämpötilan tulisi olla 55-65 0 C
- G- ja C-pitoisuuksien tulisi olla 50-60%.
Kaksi aluketta käytetään PCR: ssä eteen- ja taaksepäin näytteen DNA: n molempien juosteiden replikoimiseksi. Alukkeita käytetään yleisesti PCR- ja DNA-sekvensoinnin suorittamiseen.
Kuva 02: Pohjustushehkutus PCR: ssä
Mitä eroa on koettimella ja pohjamaalilla?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
Koetin vs pohjamaali |
|
| Koetin on pieni fragmentti DNA / RNA: ta, jota käytetään kohdesekvenssin läsnäolon havaitsemiseen näytteestä molekyylihybridisaatiolla. | Primer on pieni DNA- tai RNA-alue, joka toimii lähtökohtana DNA-replikaatiossa. |
| Toiminto | |
| Tämä havaitsee tietyn sekvenssin läsnäolon DNA- tai RNA-näytteessä. | Tämä toimii lähtökohtana DNA-synteesille. |
| Pituus | |
| Pituus voi olla 100 - 1000 kantaa | Pituus on yleensä noin 18 - 20 jalustaa |
| Sitova täydentävällä sekvenssillä | |
| Koetin hybridisoituu kohdesekvenssin komplementaaristen emästen kanssa | Primer hehkuttaa DNA-juosteiden komplementaaristen emästen kanssa. |
| Merkinnät | |
| Koettimet on merkitty tunnistamisen helpottamiseksi | Alukkeita ei yleensä ole merkitty |
| Käytä PCR: ssä | |
| Koettimia ei käytetä PCR: ssä | Alukkeita käytetään PCR: ssä |
Yhteenveto - koetin vs pohjamaali
Koetin on pieni fragmentti DNA- tai RNA-sekvenssistä, joka voidaan hybridisoida komplementaaristen nukleotidien kanssa kohdesekvenssin havaitsemiseksi näytteestä. Koettimet leimataan radioaktiivisesti, immunologisesti tai fluoresoivasti kohdesekvenssin läsnäolon havaitsemiseksi. Primer on hyvin pieni DNA- tai RNA-fragmentti, joka toimii lähtökohtana DNA-monistukselle in vitro. DNA-polymeraasi tunnistaa 3'-OH-ryhmän alukkeen ja aloittaa uuden juosteen rakentamisen, joka on komplementaarinen templaatille. Koettimet ja alukkeet toimivat samalla tavalla hybridisoitumalla komplementaaristen nukleotidien kanssa. Siten tärkein ero koettimen ja alukkeen välillä on niiden päätehtävä.
