Keskeinen ero ydinfuusion ja fissioiden välillä on se, että ydinfuusio on kahden tai useamman atomin yhdistelmä yhden suuren atomin luomiseksi, kun taas ydinfissio on suuremman atomin jakaminen kahdeksi tai pienemmäksi atomihiukkaseksi.
Fysiikassa toiminnalla on aina samanlainen mutta vastakkainen reaktio. Tämä on fysiikan perimmäinen filosofia; siten kaikilla tapahtumilla ja toimilla on aina vastaava vastakkainen reaktio. Lisäksi tämä on ydinfuusion ja ydinfissioreaktion tärkein ydin. Nämä ovat kahta erityyppistä reaktiota, jotka vapauttavat tietyt määrät energiaa. Yksinkertaisessa kemiassa yksi luo pienempiä atomeja, kun taas toinen yhdistää atomit muodostaen suuremman.