Keskeinen ero substraattispesifisyyden ja sidosspesifisyyden välillä on se, että substraattispesifisyys on entsyymin kyky valita tarkka substraatti, johon se voi sitoutua samanlaisten yhdisteiden ryhmästä, kun taas sidosspesifisyys on entsyymin kyky valita substraatteja, joilla on samanlaiset sidokset ja vastaavia rakenteita.
Termit substraattispesifisyys ja sidosspesifisyys kuuluvat biokemian alaan entsyymien aktiivisuuden suhteen. Voimme määritellä entsyymin biologisena katalysaattorina. Tämä tarkoittaa, että entsyymit ovat yhdisteitä, jotka voivat lisätä soluissa tapahtuvien biologisten toimintojen määrää, mutta niitä ei kuluteta toiminnan aikana. Termi spesifisyys viittaa tapaan, jolla tietty entsyymi sitoutuu tiettyyn substraattiin.