Tärkein ero mutageenin ja teratogeenin välillä on se, että mutageeni on aine tai aine, joka aiheuttaa muutoksia yksilön DNA: n sekvenssissä, kun taas teratogeeni on aine, joka aiheuttaa haittaa sikiölle tai kehittyvälle alkiolle raskauden aikana.
Mutageenit ja teratogeenit ovat yleensä kemiallisia aineita. Fysikaaliset ja biologiset tekijät voivat kuitenkin toimia myös mutageenina tai teratogeenina. Molemmat näistä voivat johtaa yksilöille erittäin haitallisiin tai tappaviin vaikutuksiin. Biotekniikan parantaminen on kuitenkin antanut uutta tietoa sekä mutageenien että teratogeenien käsitteistä.