Keskeinen ero syntenian ja kollineaarisuuden välillä on se, että syntenia on geneettisten lokusten fyysinen yhteislokalisointi samassa kromosomissa lajeissa, kun taas kollineaarisuus on geneettisten lokusien fyysinen rinnakkaissijainti samassa kromosomissa eri lajeissa, jotka säilyttävät saman järjestyksen.
Synteeni ja kollineaarisuus ovat kaksi termiä, joita käytetään genomiikassa vaihtokelpoisesti. Molemmat termit kuvaavat eri lajien kromosomien geenien lokalisointimalleja. Nämä taksonien väliset geenijärjestelyt ovat arvokasta tietoa päätellessään geenien yhteisestä syntyperästä. Synteny viittaa geneettisten lokusten fyysiseen rinnakkaissijaintiin samassa kromosomissa lajeissa. Kollineaarisuus viittaa geneettisten lokusten fyysiseen yhteislokalisointiin samassa kromosomissa eri lajeissa säilyttäen saman järjestyksen. Siksi se on eräänlainen synteeni.
