Keskeinen ero sisigeneesin ja intrageneesin välillä on se, että sisigeneesissä geenit lisätään tekemättä muutoksia DNA-sekvenssiin, ja geeneillä on natiivi promoottori, intronit ja terminaattorisekvenssit, kun taas intrageneesissä geenit voidaan suunnitella käyttämällä muiden kasvien geneettisiä elementtejä joilla on sama sukupuoleen sopiva geenivarasto.
Transgeneesi on vastaanottajakasvin geneettinen muunnos, joka sisältää geenejä mistä tahansa muusta kuin kasvien organismista tai luovuttajakasvista, joka on seksuaalisesti yhteensopimaton vastaanottajakasvin kanssa. Sisigeneesi ja intrageneesi ovat kaksi vaihtoehtoista käsitettä transgeneesille. Molemmat tapahtuvat ylitettävien lajien välillä. Cisgenesis viittaa vastaanottajakasvin geneettiseen muunnokseen, jossa on seksuaalisesti yhteensopivan kasvin luonnollinen geeni. Intrageneesi puolestaan sallii uusien geeniyhdistelmien käytön, jotka on luotu funktionaalisten geneettisten elementtien in vitro uudelleenjärjestelyillä. Molemmat käsitteet perustuvat kuitenkin saman lajin tai läheisten sukulaislajien geenien käyttöön, jotka ovat seksuaalisesti yhteensopivia. Siksi intrageneesi ja sisigeneesi ovat identtisiä perinteiseen jalostukseen käytettävissä olevan geenivaraston kanssa.
