Keskeinen ero molekyylin ja atomin välillä on, että molekyyli on kahden tai useamman atomin yhdistelmä kemiallisen sidoksen kautta, kun taas atomi on yksittäinen kemiallinen laji, joka voi yhdistää toistensa kanssa molekyylien ja ionien muodostamiseksi.
Kaikki aine maailmassa koostuu atomista ja molekyyleistä, joten voimme pitää niitä rakennuspalikoina kaikesta tällä planeetalla, myös meillä. Maallikon termeillä voidaan sanoa, että minkä tahansa kemiallisen alkuaineen perustason ja myös pienin yksikkö on atomi. Kemiallinen alkuaine on atomilaji. Esimerkiksi pienin happikaasuyksikkö on happiatomi; Voimme edustaa sitä kirjaimella O. Tätä happiatomia ei kuitenkaan ole itsenäisesti, ja vasta kun se yhdistyy kemiallisesti toisen happiatomin kanssa, siitä tulee vakaa. Se tulee sitten molekyylin, ja voimme edustaa sitä kemiallinen kaava O 2.
