Keskeinen ero lineaaristen ja pyörivien molekyylimoottorien välillä perustuu pääasiassa moottoriproteiinin muodostavien kompleksien liikkumiseen. Kun lineaariset molekyylimoottorit osoittavat yksisuuntaista lineaarista liikettä kompleksien välillä, pyörivät molekyylimoottorit osoittavat pyöriviä liikkeitä molekyylimoottorin muodostavien eri kompleksien ympärillä.
Molekyylimoottorit ovat tärkeitä biomolekyylejä, jotka osallistuvat moniin reaktioihin, erityisesti liittyvät energiantuotantoon adenosiinitrifosfaatin (ATP) muodossa. Heillä on keskeinen rooli liikkeessä tai mekaanisessa työssä. Moottoriproteiinit käyttävät ATP: n tai nukleotiditrifosfaatin hydrolyysin vapaata energiaa mekaanisen voiman tuottamiseksi. Molekyylimoottoreita on kahdenlaisia: lineaarisia molekyylimoottoreita ja pyöriviä molekyylimoottoreita. Ne edustavat kahta moottorin toimintatilaa.
