Tärkein ero antigeenisen ja faasivaihtelun välillä on, että antigeeninen vaihtelu on mekanismi, joka viittaa antigeenisesti erillisten proteiinien, hiilihydraattien tai lipidien ilmentymiseen niiden pinnalla, kun taas vaiheen vaihtelu on korkean taajuuden palautuva fenotyypin ilmentymisen kytkentä päälle ja pois päältä.
Antigeeni- ja faasivaihtelut ovat kahden tyyppisiä molekyylimekanismeja, joita patogeenit käyttävät isännän immuunivasteiden välttämiseksi. Ne liittyvät toisiinsa. Nämä mekanismit antavat mikrobien, erityisesti bakteerien, sopeutua useampaan kuin yhteen ympäristöön. Vaiheen ja antigeenisen vaihtelun seurauksena muodostuu klonaalisen bakteeripopulaation heterogeeninen fenotyyppi. Tässä populaatiossa yksittäiset solut ilmentävät vaihemuuttuvia proteiineja tai yhtä proteiinin monista antigeenimuodoista. Nämä vaihtelut ovat pääasiassa patogeenien toteuttamia virulenssistrategioita.
