Keskeinen ero V-tyypin ja F-tyypin ATPaasin välillä on se, että V-tyypin ATPaasi toimii ATP-ohjattuna ionipumppuna, kun taas F-tyypin ATPaasi toimii ATP-syntaasina soluissa.
ATPaasi on termi, joka viittaa entsyymeihin, jotka kykenevät hydrolysoimaan ATP: n. Yleensä ATPaasit hajottavat ATP: n ja reaktion aikana vapautunut energia käytetään työn tekemiseen, koska ATP on energiavaluutta, joka tarjoaa energiaa useimmille soluprosesseille. ATP-erittely vaatii ATPaaseja. Siksi ATPaasit alentavat ATP-hydrolyysin aktivointienergiaa. ATPaaseja on neljä päätyyppiä: F-ATPaasit, V-ATPaasit, A-ATPaasit ja P-ATPaasit. V-tyypin ATPaaseja esiintyy pääasiassa eukaryoottisolujen vakuoleissa. Sitä vastoin F-tyypin ATPaaseja esiintyy bakteeriplasmamembraanissa, mitokondrioiden sisäkalvossa ja kloroplasteissa. Ne katalysoivat ATP-kytkennän hydrolyysiä tai synteesiä H + (tai Na +) kuljetuksen kanssa kalvon läpi.
