Keskeinen ero tiosyanaatin ja isotiosyanaatin välillä on se, että tiosyanaatti on funktionaalinen ryhmä, johon alkyyli- tai aryyliryhmä on kiinnittynyt rikkiatomin kautta, kun taas isotiosyanaatti on tiosyanaatin kytkentäisomeeri, johon alkyyli- tai aryyliryhmä on kiinnittynyt typpiatomin kautta.
Tiosyanaatti ja isotiosyanaatti ovat funktionaalisia ryhmiä, jotka sisältävät hiili-, typpi- ja rikkiatomeja. Näillä funktionaalisilla ryhmillä on sama atomien liitettävyys. Toisin sanoen hiiliatomi on keskellä, kun taas sen sivuille on kiinnitetty typpi- ja rikkiatomeja. Näiden atomien välinen kemiallinen sitoutuminen on kuitenkin erilainen.
