Tärkein ero allotsyymien ja isotsyymien välillä on se, että eri alleelit koodaavat allotsyymejä samassa paikassa. Mutta sitä vastoin isotsyymit koodaavat geenit eri lokuksilla.
Entsyymit ovat biokatalyyttejä, jotka nopeuttavat biokemiallisia reaktioita. Itse asiassa ne ovat geenien koodaamia proteiinimolekyylejä. Entsyymejä on erilaisia. Joitakin entsyymejä koodaa saman geenin erilaiset alleelit, jotka ovat läsnä samassa lokuksessa. Ne tunnetaan allotsyymeinä. Sitä vastoin jotkut entsyymit koodaavat erilaiset geenit, jotka sijaitsevat eri paikoissa. Nämä entsyymit tunnetaan isotsyymeinä. Isotsyymejä ja allotsyymejä voidaan käyttää kahden organismin välisen suhteen määrittämiseen.
