Tärkein ero munasarjasyklin ja kuukautiskierron välillä on se, että munasarjasykli on munasarjoissa tapahtuva sykli, kun taas kuukautiskierto on sykli, joka tapahtuu kohdussa, joka liittyy kohdun seinämään.
Munasarjasykli ja kuukautiskierto ovat naisilla kaksi sykliä. Nämä kaksi sykliä valmistavat naisen tulla raskaaksi ja synnyttää jälkeläisiä ja tulla äidiksi. Molemmat jaksot tapahtuvat naisten lisääntymisjärjestelmässä. Niinpä ne ovat hormonille reagoivia jaksoja. Naisilla käydään nämä kaksi sykliä murrosiästä vaihdevuosiin. Tapahtumasarja tapahtuu näiden kahden jakson aikana, ja niitä ohjaavat pääasiassa hormonit. Kun raskaus tapahtuu, molemmat syklit pysähtyvät, ja tämän tekee hormoni nimeltä ihmisen koriongonadotropiini (hCG).