Keskeinen ero orgaanisten ja epäorgaanisten aineiden välillä on se, että kaikki orgaaniset aineet sisältävät hiiltä välttämättömänä komponenttina, kun taas epäorgaaniset aineet saattavat sisältää tai eivät välttämättä.
Useimmiten orgaaniset aineet sisältävät hiiltä, vetyä ja joskus happea yhdessä CH-sidosten kanssa. Mutta suurin osa epäorgaanisista yhdisteistä ei sisällä hiiltä lukuun ottamatta joitain aineita, kuten karbonaatteja ja syanideja, jotka luokitellaan epäorgaanisiksi historiallisista syistä (aikaisemmat tutkijat nimittivät nämä yhdisteet epäorgaanisiksi). Siksi tärkein ero orgaanisten ja epäorgaanisten aineiden välillä on aineen kemiallisessa koostumuksessa.
